В

Департамент народного просвещения Министерства народного просвещения (1803-1917).
Дело по отношению министра внутренних дел А.Б. Куракина с предложением руководствоваться при преподавании на медицинских факультетах университетов "Новой военной фармакопеей" лейб-хирурга Я.В. Виллие.

Департамент народного просвещения Министерства народного просвещения (1803-1917).
Дело по прошению президента Медико-хирургической академии Я.В. Виллие о поднесении царю переведённой прозектором зоотомии В.И. Всеволодовым "Сокращённой патологии скотоврачебной науки"; о награждении переводчика.

Гоф-интенданская контора Министерства императорского двора.
Дело по предложению господина управляющего с приложением отношения господина действительного статского советника Виллие, касательно пользования в болезнях ведомства Конторы людей и о прочем.

Гоф-интенданская контора Министерства императорского двора.
Дело о доставлении лейб-медику Баронету Виллие сведения о медицинских чинах ведомства Конторы.

Департамент полиции исполнительной МВД.
Дело по сообщению гофмейстера Криденера о выдаче заграничных паспортов отъезжающим за границу с его императорским высочеством великим князем Михаилом Павловичем генерал-майору Николаю Толстому, полковнику Николаю Огареву и доктору Виллие.

Гоф-интенданская контора Министерства императорского двора.
Дело по отношению лейб-медика, баронета Виллие о представлении государю императору через каждые две недели графной ведомости о больных холерой нижних чинах.

Гоф-интенданская контора Министерства императорского двора.
Дело о посещении управляющего придворной медицинской частью Баронета Виллие Конторского лазарета; тут же и о заготовлении для него белья и волосяных матрасов.

Карманная книга военной гигиены, или Замечания о сохранении здоровья русских солдат. Санкт-Петербург : Имп. тип., 1813.

Ботаника Вилльденова, заключающая в себе терминологию, разные системы, ботанические правила, названия растений, естествословие, болезни и историю прозябаемых, и наконец, историю самого травопознания. Москва : Театральная тип., 1819.

Краткое начертание минералогии. Санкт-Петербург : Издано Департаментом нар. просвещения, 1824.