Николай Яковлевич Данилевский родился 4 (16) декабря 1822 г. в селе Остров Орловской губернии в дворянской семье. Учился в Царскосельском лицее (1836–1843), затем был вольнослушателем естественного отделения философского факультета Санкт-Петербургского университета. В 1849 г. получил степень магистра ботаники.